Models

PhenoBR: a model to phenotype body condition dynamics in meat sheep (2023)

Responsible: Masoomeh Taghipoor. Link: https://adaptive-capacity.herokuapp.com/

Metabolic network reconstruction and dynamic models of Fibrobacter succinogenes S85 (2023)

Responsible: Rafael Muñoz-Tamayo. Link: https://doi.org/10.5281/zenodo.7219864    

Dynamic model predicting the impact of the macroalgae Asparagopsis taxiformis supply on in vitro rumen microbial fermentation and methane production (2021)

Responsible: Rafael Muñoz-Tamayo. Link: https://doi.org/10.5281/zenodo.4090332

Lactation curve model with explicit representation of perturbations as a phenotyping tool for dairy livestock precision farming (2019)

Responsible: Olivier Martin. Link:  https://zenodo.org/record/3241372#.XWOYxell9WY

A kinetic model of in vitro methanogenesis (2019)

Responsible: Rafael Muñoz-Tamayo. Link: https://doi.org/10.5281/zenodo.3271611  

A mechanistic model of rumen in vitro fermentation (2016)

Responsible: Rafael Muñoz-Tamayo. Link: https://doi.org/10.5281/zenodo.4047640

Software tools

Python code for bayesian inference for parameter identification in mechanistic models, examplified using a cow's lifetime performance model (2023)

Responsible: Laurence Puillet & Nicolas Friggens. Link: https://doi.org/10.5281/zenodo.7998115

A framework to estimate the environmentally attainable intake of dairy cows in constraining environments (2023)

Responsible: Laurence Puillet & Nicolas Friggens. Python code for the framework is accessible upon request to nicolas.friggens@inrae.fr

Examples of tools for quantifying animal resilience (2023)

Responsible: Masoomeh Taghipoor. Link: https://quantanimal.github.io/

Examples of identifiability tests of dynamics models (2023)

Responsible: Rafael Muñoz-Tamayo. Link: https://doi.org/10.5281/zenodo.7563695

A procedure to quantify the feed intake response of growing pigs to perturbations (2019)

Responsible: Masoomeh Taghipoor. Link: https://doi.org/10.5281/zenodo.2272926

Interesting software

Feedipedia 

Feedipedia est un système d'information en libre accès sur les ressources de l’alimentation animale qui fournit des informations sur la nature, l’occurrence, la composition chimique, la valeur nutritive et l’utilisation sécuritaire de près de 1400 aliments pour le bétail dans le monde entier. Link : http://www.feedipedia.org/  

Systool Web

Systool Web permet de calculer la valeur des aliments et des rations avec le nouveau modèle des apports élaboré par le groupe INRA dans le cadre du projet "Systali". Lien : http://systool.fr/login.php 

Optim’Al

Optim’Al est un outil d’optimisation économique des rations pour vaches laitières et bovins viande par programmation linéaire. Il a été conçu par l’AFZ en collaboration étroite avec AgroParisTech et l’UMR MoSAR pour répondre à la demande des professionnels du développement. Il est commercialisé via les formations proposées par Idele (https://idele.fr/detail-article/optimal)